Kafka en la orilla narra dos historias que, aunque aparentemente independientes, se entrelazan de manera magistral. Por un lado, está Kafka Tamura, un joven de 15 años que huye de su hogar en Tokio para escapar de una profecía lanzada por su padre, un famoso escultor que lo maldice con un destino similar al de Edipo.

Kafka busca respuestas sobre su madre y su hermana, quienes lo abandonaron cuando era niño, y encuentra refugio en una peculiar biblioteca en Takamatsu, donde conoce a la enigmática señora Saeki y a Oshima, un joven culto y amable que lo ayuda a navegar por su confusión emocional.

Por otro lado, está Satoru Nakata, un anciano que, tras sufrir un extraño accidente durante la Segunda Guerra Mundial, perdió gran parte de sus capacidades intelectuales pero ganó la habilidad de hablar con los gatos. Nakata, acompañado por Hoshino, un camionero de buen corazón, emprende un viaje que lo llevará a enfrentarse a fuerzas sobrenaturales y a cumplir un destino que parece estar escrito en las estrellas.